مسائل متعددی به‌عنوان تهدید محیط‌زیست زاگرس را می‌آزارد. از قاچاق چوب گرفته تا چرای بی‌رویه‌ی دام تا آتش‌سوزی‌های طبیعی و عمدی و…، منبع حیاتی زاگرس را در معرض نابودی قرار داده است. قطع درختان، هیزم‌گیری و تجارت ذغال بلوط، تجارت پرسودی است که پای قاتلان زاگرس را به نقاط مختلف و بکر آن باز کرده است. جنگل‌های بلوط زاگرس با وسعت شش میلیون هکتار مساحت نزدیک به ۵۰ درصد جنگل‌های ایران را تشکیل داده که قریب به ۸۰ درصد عشایر کشور و بیش از ۶۰ درصد دام سنتی کشور در این منطقه حضور دارند و درعین حال حدود ۴۰ درصد آب کشور از این منطقه تامین می‌شود. متاسفانه جنگل‌های زاگرس به‌عنوان وسیع‌ترین رویشگاه جنگلی غیرتجاری، طی سال‌های اخیر توسط فعالیت‌های انسانی و طبیعی متعدد تهدید و باعث زوال و مرگ تدریجی درختان بلوط زاگرس شده است. درخت بلوط در شرایط ایده‌آل می‌تواند تا ارتفاع ۴۰ متر و به طور متوسط تا ۶۰۰ سال عمر کند. علی‌رغم اینکه جنگل‌های زاگرس غیرتجاری محسوب می‌شوند اما از نظر حفاظت از منابع خاک، تولید محصولات فرعی و ارزش‌های محیط‌زیستی اهمیت منحصر بفردی دارند. چرای بی‌رویه‌ی دام و فعالیت‌های دامداری از عوامل مهمی هستند که باعث زوال درختان بلوط در زاگرس شده‌اند. سرشاخه زنی در اواخر تابستان و اوایل پاییز برای تهیه علوفه زمستانی دام، عبور و مرور دام که موجب سم‌کوب شدن خاک می‌شود و عبور هوا در بین خاک را مختل می‌‌نماید و به‌همین دلیل ریشه‌ها نفس نمی‌کشند و سبب مرگ درخت می‌شوند و از طرف دیگر به خاطر سخت شدن خاک با اندک بارندگی سیل راه می‌افتد. متاسفانه قاچاقچیان چوب با روش‌های مختلفی اسباب مرگ بلوط‌ها را فراهم می‌کنند که از روش‌های آنان، یکی اسیدپاشی ریشه‌ی درختان است و دیگری قطع آوندهای درختان از تنه است که آب و منابع غذایی از ریشه به ساقه و برگ‌ها نمی‌رسد و درخت آرام‌آرام خشک می‌شود. آتش‌سوزی‌های عمدی جنگل‌های زاگرس، علاوه بر قاچاقچیان چوب، توسط کشاورزان محلی برای تصرف زمین‌ها برای کشاورزی صورت می‌گیرد. بدیهی است که نظارت قوی نهادهای مسوول دولتی و تعهد به تکالیف اجتماعی مردمی، سریع‌ترین راه وصول برای جلوگیری از مرگ زاگرس است.